Important facts of the MCC BW Cluster

Check out siesta.X.sh file with your editor:

DO NOT CHANGE unless you are familiar with PBS Batch System

    #!/bin/sh
    #PBS -N siesta.1
    #PBS -l nodes=1
    #PBS -q ss05
    ##PBS -V
    ##send mail when the job begins and ends (optional)
    ##PBS -m be
    ##End of embedded QSUB options
    # Get basic job information: will be replaced by a system-wise script

    #set output directory
    outdir=$PBS_O_WORKDIR/SIESTA/OUTPUT/silicon

    ########################################
    #DONOT MODIFY BELOW
    ########################################
    #echo which node this job is running
    echo `cat $PBS_NODEFILE`
    #set tmp where your job will run
    tmp=/scratch/$USER.$PBS_JOBID

    #will create a new output directory
    mkdir $outdir

    #will create a tmp directory
    mkdir $tmp

    #cd to tmp directory
    cd $tmp
    ########################################
    #DONOT MODIFY ABOVE
    ########################################

    ########################################
    #Special for siesta BELOW
    ########################################
    #cp siesta binary
    cp /home/mcc/bin/siesta .

    #cp input files
    cp $PBS_O_WORKDIR/SIESTA/Example-1/* .
    #run siest
    ./siesta < silicon.fdf > silicon.log

    #remove siesta
    rm siesta
    ########################################
    #Special for siesta ABOVE
    ########################################

    ########################################
    #DONOT MODIFY BELOW
    ########################################
    #cp everything to output
    cp * $outdir/

For a new job,

cp siesta.X.sh whatever.sh

and edit whatever.sh